摘要：目的 开发靶向表达失调的非编码RNA的小分子药物,以提供一种全新的癌症治疗策略。方法通过整合小分子与lncRNA的靶基因数据,基于基因功能相似性,构建小分子与lncRNA关联关系模型,预测小分子潜在相关的lncRNAs,对显著相关的小分子-lncRNA关联网络进行拓扑性和功能性分析,依据数据库和文本挖掘评价预测的小分子-lncRNA关系。结果 得到280个小分子与79个lncRNA之间805对显著相关关系;网络中小分子节点呈现幂律分布;同一小分子靶向的lncRNA对共享疾病（5.0995×10-6）,同一lncRNA关联的小分子对共享疾病（3.1577×10-28）和副作用（2.1668×10-67）,并具有相似的化学结构（2.053×10-62）;在慢性骨髓白血病、恶性胃肠道间质瘤中,MEG3、H19、HOTAIR与伊马替尼存在潜在关联;FENDRR与Glisoxepide在糖尿病肾病治疗中存在潜在关联。结论 基于基因功能相关性为预测小分子相关lncRNAs提供了一条新途径,促进了癌症靶向治疗的发展。